Balıkçıoğlu, araştırmaları erken modern Osmanlı İmparatorluğu’nda felsefe, kelâm ve tasavvufun kesişimine odaklanan bir metin araştırmacısı ve düşünce tarihçisidir. Özellikle Greko-Arap felsefesinin şeriatla Osmanlı bağlamında sentezlenmesiyle ve erken modern dönem âlimlerinin toplumsal, siyasal ve dinî ağlarının erken modern Avrupa ve İslam dünyasıyla karşılaştırmalı biçimde incelenmesiyle ilgilenmektedir.

İlk monografisi, Verifying the Truth on Their Own Terms: Ottoman Philosophical Culture and the Court Debate Between Mollā Zeyrek and Ḫocazāde [Hakikati Kendi Terimleriyle Doğrulamak: Osmanlı Felsefe Kültürü ve Molla Zeyrek ile Hocazâde Arasındaki Saray Münazarası] (Ca’ Foscari Üniversitesi, 2024), uzun süredir kayıp olduğu düşünülen ve yeniden bulunan bir yazmaya dayanmaktadır. Eser, Sultan II. Mehmed’in sarayında, İbn Sînâ’nın Tanrı’da varlık, mahiyet ve zorunluluğun bir olduğu yönündeki tezi üzerine gerçekleştirilen altı günlük bir münazarayı yeniden kurmaktadır. Edebî kaynaklarda uzun zamandır zikredilen bu münazara, daha önce arşiv belgeleri üzerinden incelenmemiştir. Kitap, gözden kaçmış iki yazmadan hareketle bu tartışmanın ilk filolojik rekonstrüksiyonunu ve çözümlemesini sunmakta; Osmanlı düşünürlerinin müdahalelerini daha geniş kelâmî ve felsefi gelenekler içinde konumlandırmaktadır. Balıkçıoğlu hâlen geçici başlığı Natural Sciences and Religion in Postclassical Islam, 1450–1600 [Klasik Sonrası İslam Dünyasında Doğa Bilimleri ve Din, 1450–1600] olan ikinci monografisi üzerinde çalışmaktadır.

Balıkçıoğlu, son beş yıl içinde modern Türkiye’de siyasal İslam’ın yükselişi üzerine de araştırmalar yürütmüş ve Kristin E. Fabbe ile birlikte kaleme aldığı çeşitli makale ve çalışmaları yayımlamıştır. Aynı zamanda şiirleri antolojilerde yer alan bir şairdir. Efe Murad müstear adıyla çeşitli şiir kitapları ve şiir çevirileri yayımlamıştır. Bunlar arasında Ezra Pound’un Cantos adlı eserinin Türkçedeki ilk eksiksiz çevirisinin yanı sıra Amerikalı şairler Susan Howe, Jack Spicer, Ron Padgett/Tom Clark ve Lyn Hejinian’ın eserlerinin çevirileri de bulunmaktadır.