1961’de Dinar’da doğdu. ODTÜ Matematik Bölümü’nde başladığı üniversite öğrenimini Ege Üniversitesi Felsefe Bölümü’nde tamamladı. Aynı bölümde yüksek lisans (Doğal Hukuk Geleneğinde Locke’un “Yönetim Üzerine İki İnceleme”sinin Yeri), Paris VIII Saint Deniş Üniversitesi’nde doktora yaptı (Arendt ve Habermas’ta İktidar ve Meşruiyet İlişkisi). “Barış İçin Akademisyenler” veya “Bu Suça Ortak Olmayacağız” bildirisinin imzacılarından olan Toker, profesör olduğu Ege Üniversitesi Felsefe Bölümü’nden 2017 Ocak’ında Kanun Hükmünde Kararname ile ihraç edildi. 

Siyaset felsefesi üzerine bazı yazıları Politika ve Sorumluluk adıyla kitaplaştırılmıştır (İletişim, 2012). Akademik kimliğinin yanı sıra İnsan Hakları Vakfı Akademi’de çalışmalarını sürdüren bir insan hakları savunucusudur. Türkiye İnsan Hakları Vakfı Yayınlarından 2019’da çıkan Akademisyen İhraçları; Hak İhlalleri, Kayıplar, Güçlenme Süreçleri kitabının hazırlayıcıları arasında yer almıştır. Toplum ve Bilim Dergisi eş editörü olan Nilgün Toker’in yazıları çok sayıda çeşitli dergide yayınlanmıştır.